宏基因组分析教程（宏基因组学方法）
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摘要预览：
从CONCOCT入手理解宏基因组binning
1、下图[3]对常见的一些NCA-based contig binning软件进行了比较。其中MetaBAT[4]是历史引用量最高，且2019年又推出了MetaBAT2[5]。
宏基因组基础知识
1、宏基因组 ( Metagenome)（也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome， 或元基因组） 。
2、宏基因组学（Metagenomics）又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA，构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。
3、宏基因组分箱（Binning）是将宏基因组测序得到的混合了不同生物的序列或序列组装得到的contigs按物种分开归类的过程。
4、由于宏基因组学主要针对的是微生物群落研究，所以这个概念现在主要指特定环境样本中的微生物基因组总和 （图1）。
5、宏基因组是指即在一个生境中所有微小生物（多指微生物）遗传物质的总和。宏基因组研究将揭示更高更复杂层次上的生命运动规律。
如何采用宏基因组进行水产动物肠道微生物的研究
借助扩增子和宏基因技术，我们可以知道肠道中存在的微生物的群落分布和具备的功能，若想进一步解析微生物此时此刻正在做什么，就离不开宏转录组了。
宏基因组学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养，而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。
基因组草图是存在Gap 的，基因组完成图对整个基因组进行了Gap Closing，得到基因组完成图。
人类宏基因组学的主要研究方法是利用高通量测序技术对宏基因组进行测序，并通过处理、分析等步骤来获得微生物组和宿主组的相关数据，如微生物分类和数量、微生物代谢产物、代谢组学数据等，以及宿主基因组的变异和表达等信息。
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